日本に先行してHPVワクチンを承認した諸外国において、神経障害等の多数の副反応が報告されています。
日本でも、副反応症例が多数報告されています。
多数の副反応患者を診療した国内外の医師らからは、脳の血流低下に関する報告、内分泌の調節機能異常、免疫系の異常を示す自己抗体の検出、自己免疫疾患の治療法で症状が改善しているなどの報告がなされています。
また、ガーダシルを投与した動物の行動や脳の変化を観察した動物実験によりHPVワクチンの脳への影響（危険性）をみる研究も報告されています。
さらに、HPVワクチンの副反応を疑わせる症状の患者の医療機関受診が、HPVワクチンの積極推奨開始後に増加し、積極推奨の一時中止後は激減したとする報告もあります。