HPVワクチンは、2013年4月に、A類疾病ワクチンとして定期接種化されました。そもそも、定期接種（A類疾病）ワクチンは、「Q どのような要件を満たせば定期接種（A類疾病）ワクチンとなるのでしょうか？」のような要件を満たす必要があるところ、HPVワクチンがその要件を満たしていなかったことは「Q どのような要件を満たせば定期接種（A類疾病）ワクチンとなるのでしょうか？」記載のとおりですが、定期接種化にはさらに以下のような問題がありました。
緊急促進事業の実施により、HPVワクチンの接種率は飛躍的に上昇し、これに伴い、多くの重篤な副反応報告が集積していました。
2013年2月には、PMDAがCRPS（複合性局所疼痛症候群）の国内副反応報告が集積したとして、安全対策の必要性等の検討を開始しました。CRPSとして報告された副反応症例では、広範囲の疼痛だけでなく、しびれ、筋力低下などその他の症状も認められたため、PMDAの検討は、CRPSとして報告された以外の症例にも及びました。
また、2013年3月以降、HPVワクチン接種後に全身の痛み、しびれ、痙攣、歩行障害等の重篤な副反応が生じた症例についての報道が相次ぎ、3月25日には全国子宮頸がんワクチン被害者連絡会も発足しました。
このようにPMDAが副反応についての検討を開始し、副反応が社会問題化している中で、2013年4月にHPVワクチンの定期接種化がされましたが、結局、わずか2か月後の6月には積極的勧奨が差し控えられることとなったのです。